北京亿元生态环境工程有限公司以高标准的环保需求为引导，先后与清华大学、北京工业大学，天津大学，同济大学，南京理工大学，河南大学，西安交通大学，中国环境科学院，中国科学研究院等省内外众多知名科研院所开展“校企合作”。

公司通过承担或参与的诸如国家公共卫生安全水质课题，“首都医科大学微生物纳米新材料应用于病毒废水实验专项科研”和中科院垃圾渗滤液低成本运营研发示范课题等科研项目，配合编著同济大学2020版环境科学教科书，形成了以“低成本高效率城镇生活污水处理方法及系统”和“高难度工业污水处理技术应用”为代表的一批核心技术与特色装备并得到广泛应用。